1957 yılında Muş'da doğdu. 1980 yılında şimdiki adıyla Gazi Üniversitesi'nin Mühendislik Fakültesi Makina Mühendisliği Bölümünden mezun oldu.

Alüminyum sektöründe sanayicilik yapan ve 1982 yılında firması ASO'ya üye olan Çağlayan, 1987 yılında yapılan Oda Organları Seçimlerinde Alüminyum Sanayii Meslek Komitesi ve bilâhare de Oda Meclisi Üyeliğine seçildi. 1989 yılında Yönetim Kurulu Üyeliğine ve 1991 yılından itibaren de iki dönem Yönetim Kurulu Başkanvekilliği yapan Zafer Çağlayan, 1995 yılında ilk dönem olarak Ankara Sanayi Odası Yönetim Kurulu Başkanlığı'na seçildi. 1997 yılı Kasım ayında yapılan seçimle de tekrar 1997-1999 dönemi, 1999 Kasım ayında yapılan seçimlerle de tekrar 1999-2001 dönemi Ankara Sanayi Odası Başkanlığı'na seçildi ve halen bu görevi yürütmektedir.

1996-1998 dönemi TOBB Başkanvekilliği ve 1995-1998 dönemi MESS Temsilciler Kurulu Üyeliği görevlerinde de bulundu. Çağlayan 2005 yılının Mayıs ayında yeniden TOBB Başkanvekilliği görevine seçildi, halen bu görevini sürdürüyor.

Dış Ekonomik İlişkiler Kurulu (DEİK) Yönetim Kurulu Üyeliği, kurucusu olduğu ve uzun yıllar Yönetim Kurulu Başkanlığını yaptığı Ankara Alüminyum Sanayicileri Derneği Üyeliği görevi de devam eden Çağlayan, evli ve iki çocuk babasıdır.